労働時間における変形労働時間制は、厚労省の調査によると平成31年では過半数以上の企業が採用しています。しかし正しい運用が難しいだけでなく、特に時間外労働の計算方法が複雑でそのため誤った運用になっている例もあります。

◆1か月単位の変形労働時間制時間外の扱い

1か月単位の変形労働時間制は労使協定又は就業規則に規定して運用ができます。労使協定を労基署に届け出る必要はありません。1か月以内の一定の期間を平均し1週間当たりの所定労働時間が40時間（10名未満の商業・サービス業は44時間）を超えない定めをしたときは、特定された週や日において法定労働時間を超えて労働させることができる制度です。
一般的な労働時間は1週40時間、1日8時間を超える実労働時間が時間外労働となりますが、変形労働時間制ではそれを超えてもあらかじめ特定された所定労働時間内であれば時間外労働にはならず残業代は発生しません。この場合は所定労働時間が法定労働時間を超えて設定されている週又は日は法定労働時間を超えた部分が時間外労働となります。
これは週単位、日単位の労働時間の把握が必要です。1か月間の対象期間の法定労働時間の総枠（40時間×月の暦日数÷7で計算）だけでは判断できません。つまり時間外労働の計算は①日々について→②週について→③変形期間の順にその合計時間数が時間外労働の時間数となります。

◆簡易な判断方法

各月の日、週、変形期間の順に時間外労働をチェックするのはなかなか大変です。もう少し簡単に判断する方法はないでしょうか。一つの方法として所定労働時間超の労働時間をすべて時間外労働とみなすことで1回のチェックで済みます。この場合、各月の暦日数に応じて月間所定労働時間の総枠を設定、月間所定労働時間の総枠を超える時間数をすべて割増の対象とする。月間所定労働時間はできるだけ法定労働時間に近づける（法内か法外かの判断の手間は省けるが割増無し部分1.0の賃金も割増有り1.25増で払うこととなるため差の時間数を減らしておく）。また、1日の所定労働時間はあまり何種類も作らず、働く人も毎日働く時間がある程度固定化されている方が働きやすいと言えるでしょう。