NPO法人（特定非営利活動法人）は、医療、福祉、環境、教育、まちづくりなどの分野で社会貢献を行う存在として大きな役割を担っており、全国で約5万社（令和７年６月末現在）が活動しています。

◆法人税は収益事業にのみ課税される
　NPO法人にも法人税の納税義務があります。NPO法では、NPO法人の法人税等の取扱いについては公益法人等とみなすとされており、法人税法別表第二に記載される公益法人等と同様に、収益事業のみ法人税が課税されます。NPO法人の事業が収益事業に該当するか否かの判断は、法人税法が定める34業種のいずれかの事業に該当し、その事業を継続的、かつ事業場を設けて行っている場合に、収益事業とされます。
　このことはNPO法人が定款に定める特定非営利活動を行っている場合においても、それが収益事業に該当する限り、法人税が課税されることを意味します。

◆34の収益事業は法令で規定されている
　法人税の課税対象となる収益事業の34業種は、物品販売業から労働者派遣業までの事業が限定列挙されています。NPO法人の行う事業がこれらに該当するかは、通達等を参照して個別に判断することになります。　
　課税される根拠は、同種の事業を営む営利法人との競合性から課税の公平をはかるためとされています。新たに収益事業を開始する場合は、収益事業開始届出書を税務署に提出し、青色申告を行います。赤字の事業年度がある場合は欠損金の繰越控除の適用を受けることもできます。

◆継続性と事業場の要件（規模要件）
　法人税の収益事業に該当するかを判断するためのもう一つの要件は、その事業の継続性と事業場を設けていることです。NPO法人の目的とする事業であれば該当する場合が多いものと思われます。

◆会費、寄附金、補助金、助成金の扱いは
　NPO法人に対する支援者からの会費や寄附金、助成金等は、対価性や反対給付があるものを除き、課税の対象になりません。しかし、国や地方公共団体から交付を受ける補助金、助成金等で収益事業の収入や経費を補てんするものは、益金に算入されて課税対象となります。ただし、固定資産の取得や改良に充てるために交付される補助金、助成金等は、その固定資産が収益事業に係る収入や経費であっても、益金不算入となり、収益事業の課税対象となりません。

◆非上場自己株取得の場合の課税原理
　会社の自己株式取得は、資産の取得ではなく、減資と同じ株主資本の部分清算と解するのが税務原則であり、取得自己株数に対応する出資元本を超える払戻し部分について清算配当とみなす扱いになります。その所得は、累進税率の総合課税の配当所得として課税されます。

◆税引き手取りがマイナスとなる過酷な場合
　ところで、非上場株式を相続したため、相続税の納税資金に困り、発行会社に株式買取りを要請することがあります。その場合、相続税と所得税の二重の課税で手取りの著しい減少となる場合があります。最大で、相続税55％、所得税と住民税55.945％（所得税45％＋住民税10％＋復興特別所得税）です。そういう状況に、全負担の緩和をもたらしてくれる特例があります。

◆過酷を緩和してくれる特例
　以下の条件を満たす場合、その株式譲渡対価の全額を非上場株式の譲渡所得の収入金額とし、その収入金額から取得費および譲渡に要した費用を控除して計算した譲渡所得金額は、申告分離課税で一律20.315％（所得税15％＋住民税5％＋復興特別所得税）の課税になる、というものです。
　最大のケースで、35.63％（55.945％－20.315％）の税負担が軽くなります。
　なお、取得費を計算する際には、その財産に対応する相続税額を取得費に加算できる特則もあるので、その適用を受けることもできます。

◆対象者・対象物・手続き
①相続または遺贈により取得した財産の中に非上場株式があり、その相続または遺贈について納付すべき相続税額がある個人
②相続取得した非上場株式をその発行会社に相続税の申告書の提出期限の翌日以後３年を経過する日までに譲渡し、この特例に係る「届出書」を発行会社に提出する必要があります。
③発行会社は、譲り受けた日の属する年の翌年1月31日までに本店または主たる事務所の所轄税務署長に届出書を提出する必要があります。

◆高税率でない場合にはみなし配当のまま
　ただし、いつでも配当課税より譲渡課税が有利というわけではありません。所得が低い場合には、総合課税＋配当控除の方が有利になることもあります。